Lietuvos raudonosios knygos komisija siūlo įrašyti Europos tamsiąją medunešę bitę į Saugomų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių sąrašą (kitaip – Lietuvos raudonoji knyga). Į šį sąrašą siūloma įrašyti tik gamtoje (uoksuose ar drevėse) gyvenančias šios bičių rūšies šeimas. Laikomų ir veisiamų nelaisvėje (aviliuose) Europos tamsiųjų medunešių bičių populiacijų dalis į jį nebūtų įtraukta.

Netaikant šiam vietinės bitės porūšiui teisinių apsaugos priemonių, nustatytų Saugomų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių įstatyme, negalima užtikrinti, kad šio porūšio laukinės populiacijos nebus prarastos.

Įrašius Europos tamsiąsias medunešes bites (Apis mellifera mellifera) į Saugomų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių sąrašą, duomenys apie šių bičių paplitimą laukinėje gamtoje bus kaupiami Saugomų rūšių informacinėje sistemoje (SRIS), radavietėms bus taikomos Saugomų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių įstatymo nuostatos, leisiančios užtikrinti jų apsaugą ir naudojimą.

Pastaruoju metu stebima itin didelė grėsmė šiam vietinės bitės porūšiui Lietuvoje išnykti. Gamtos tyrimų centro atliktų tyrimų ir Tarptautinės gamtos išsaugojimo sąjungos (IUCN) vertinimo duomenimis, šių bičių populiacijoms išlikti pagrindinę grėsmę kelia hibridizacija su atvežtų į mūsų šalį svetimžemių porūšių medunešėmis bitėmis ir tinkamų perbrendusių medžių su stambiomis drevėmis Lietuvos miškuose stoka.

Gamtos tyrimų centras ištyrė 8 dreves Dzūkijos nacionaliniame parke, kur laisvai gyvena Europos tamsiųjų medunešių bičių šeimos. Pagal atliktą IUCN vertinimą, šis vietinės bitės porūšis atitinka kritiškai grėsmingos būklės kategorijos kriterijus.